Nacido en Toro, provincia de Zamora en 1451, fue Juan Rodríguez de Fonseca un eclesiástico, político y diplomático español, miembro del Consejo de los Reyes Católicos y primer organizador de la política colonial castellana en las Indias, tras el descubrimiento de América en 1492 por Cristóbal Colón.
Pertenecía a una de las familias más ilustres de la Corona de Castilla. Hijo de Fernando de Fonseca y Ulloa y de su segunda mujer Teresa de Ayala, y sobrino del arzobispo de Sevilla Alonso I Rossanopo de Badajoz, de Córdoba (1499), de Palencia (1505), arzobispo de Rossanoy obtuvo su licenciatura en Artes. Comenzó su carrera eclesiástica como arcediano de Olmedo y Ávila y tras varios cargos eclesiásticos fue designado en 1494 obispo de Badajoz, de Córdoba (1499), de Palencia (1505), arzobispo de Rossanopo de Badajoz, de Córdoba (1499), de Palencia (1505), arzobispo de Rossano (1511), en el Reino de Nápoles y obispo de Burgos (1514-1524), donde falleció.
Ejerció la diplomacia llevando a cabo misiones delicadas, como el arreglo de las bodas de los hijos de los Reyes Católicos con los herederos de la Casa de Austria; Juan con Margarita y Juana con Felipe el Hermoso, y acompañó a la infanta Catalina a Inglaterra en 1501 con motivo de su boda con Arturo, el heredero inglés de la Casa Tudor. Delegado regio en los asuntos de Indias (1493), como tal tuvo en sus manos la gestión de la exploración, conquista y evangelización de las Indias Occidentales, Y en 1503, a instancias del obispo Fonseca los Reyes Católicos crean en Sevilla, en 1503, la Casa de Contratación para las Indias, las islas Canarias y el África Atlántica, tomando como modelo el Consulado de Burgos. También participó en la fundación de la Casa de la especiería de La Coruña en 1519, y en la concesión del permiso real para organizar, junto al mercader Cristóbal de Haro la armada de Magallanes a la Especiería (1519-1524).
Humanista y mecenas, fue generoso con sus iglesias catedrales. Mientras fue obispo de Palencia, se construyó el suntuoso trascoro de la Catedral de San Antolín, donde fue colocado un tríptico encargado en Flandes y en el que se halla el retrato del propio Fonseca. También se construyó la escalera que conduce a la cripta de san Antolín. Cuando ocupó la sede episcopal burgalesa, se levantó en la Catedral de Burgos la joya plateresca de la puerta de la Pellejería y la lujosa y muy famosa Escalera Dorada, obra de Diego de Siloe. Además, regaló a ambas catedrales ricas colecciones de tapices traídos de Flandes.
Falleció en su diócesis burgalesa el 4 de noviembre de 1524, aunque por decisión propia fue enterrado en la iglesia de Santa María la Mayor de Coca, capital de los dominios señoriales de la familia Fonseca.
