Marino, natural de Espinosa de los Monteros, al igual que el capitán Gonzalo Gómez de Espinosa, y familiar suyo. Era hijo de Pedro Gómez y de Juana García, vecinos de dicha villa.
Se embarcó como “sobresaliente”, en calidad de criado del contador Antonio de Coca, asistente del obispo Juan Rodríguez de Fonseca, armador de la expedición junto a Cristóbal de Haro. Embarcado en la nao San Antonio, una de las cinco naves que partieron al mando de Fernando de Magallanes y Juan de Cartagena, en la armada a la especiería mandada por Carlos I en 1519.
Durante la navegación del estrecho de Magallanes, el piloto mayor Esteban Gómez y el también burgalés Jerónimo Guerra se hicieron con el control de la nave, destituyendo a su capitán, Álvaro Mezquita, y decidieron regresar a España por desavenencias con el capitán Fernando de Magallanes. Arribaron a Sevilla el 6 de mayo de 1521. En general, a la tripulación de la San Antonio se la dejó marchar sin cargos, pero sin pagar sueldo. Sin embargo, Juan Gómez de Espinosa fue de los pocos a los que sí pagó la Casa de Contratación de Indias.
