Capitán y veedor general de la armada, nombrado por Carlos capitán de la nao San Antonio, en sustitución de Ruy Faleiro, portugués, compañero de Hernando de Magallanes. De Burgos. Familiar del obispo don Juan Rodríguez de Fonseca. Enfrentado con Magallanes desde el primer momento de la expedición y acusado de insubordinación fue abandonado el 11 de agosto de 1520 en una isla en medio de la Patagonia, junto al clérigo Pedro Sánchez Reina, sin que se volviera a saber más de ellos: “Sábado, once días del mes de agosto del dicho año, estando en el puerto de San Julián, fueron desterrados Juan de Cartagena e Pero Sánchez, clérigo, por mandato del capitán general Fernando de Magallanes”.
